1421. gadā Apes muiža minēta kā Alūksnes pilsmuižas lēņu muiža, tā esot veidojusies no vairākiem zemes gabaliem.

Muiža iznomāta kādam Gerdam Hoppem.  Hoppes uzvārds ir radījis versiju par  Hopenhofas muižas nosaukuma izcelšanos[1].  Hoppes muižā saimniekojuši pāris gadsimtus.

 Vēlāk tiek minēts kāds  īpašnieks Jabelnovskis, kurš aizbēga līdzi poļiem, tad ķēniņš  Gustavs Ādolfs abas muižas dāvināja bruņiniekam Lorencam Vāgneram. 1630. gadā muižas  tiek nodotas Berentam Zontāgam, kurš vēlāk pieņem uzvārdu Zonenbergs.

Kārļa XI sūtnis 1664. gada 28. septembrī apstiprināja Zonenberga īpašumu.

Apes muiža aprakstos minēta kopā ar Karvu un Zonenbergs Karvas muižu 1684. gadā pārdeva   Letnantam Heinriham Brantam par 800 dālderiem bet Apes muižu atstāja savam pēcnācējam.

 17. gs. beigās un 18.gs pirmajā  pusē  Apes muiža minēta kopā ar Karvas muižu, kā -  Nothhelferu ģimenes īpašums.

Īpašnieku vārdi mainījās galvenokārt tāpēc, ka mantoja meitas, kuras apprecoties pārgāja vīra uzvārdā.

Pirms barona Delviga īsu brīdi īpašnieki bija Wolfu dzimta.   

 Kopš 1889. gada muižas īpašnieks ir Akselis fon Delvigs. Viņš izveidoja progresīvu paraugmuižu un uzcēla dzelzceļa staciju, tā panākot, ka dzelzceļa līnija uz Valku iet caur Api.

Kopš 1924. gada Apes muižas centrs iznomāts Apes lauksaimniecības skolai.

Kungu mājā pēc otrā pasaules kara no1950. līdz 1996. gadam atrodas slimnīca, vēlāk  iekārtota Alūksnes pansionāta Apes filiāle. 2005. gadā ēkā izcēlās ugunsgrēks un tā tika pamesta.

[1] Ilzes  Māra Janelis (Latvijas muižu un  parku pētniece un arhitekte) pētījumā par Ziemera muižu ir izteikusi vairākas versijas par nosaukuma rašanos, un viena no tām ir, ka nosaukums ir sens vietvārds, bet muižas īpašnieks šo vārdu ieguva un zaudēja reizē ar īpašumu. Šo versiju  gribas “pielaikot” arī citām muižām.

(1811. gads) Apes muižas dvēseļu revīzijas sarakstā  - 144 vīrieši – sievietes revīzijas sarakstos nerakstīja

(1858. gads) 160 vīrieši, 177 sievietes, kopā 337 zemnieki

Apes muižas dvēsēlu  revīziju sarakstos no 1811.gada līdz 1858. gadam ir minētas sekojošas zemnieku sētas, nenorādot sētas māju skaitu :

1. Dunduri
2. Lipski
3. Zīļi (Sille)
4. Vossa
5. Uzkaņi
6. Lejas Dzeņi
7. Kalna Dzeņi
8. Lāči
9. Laurenes
10. Mālupes
11. Jaši

Apes  muižas dvēseļu revīzijas zemnieku alfabētiskais saraksts (1858. gads)

1. Ābelkoks
2. Alsbrūvers
3. Ābols
4. Alksnīts
5. Augs
6. Bergers
7. Bēning ( Bēniņš)
8. Bremze
9. Balta
10. Brieds
11. Boija
12. Bēters
13. Dzens
14. Ērnsons
15. Elsting ( Elstiņš)
16. Enneta
17. Gruzīts
18. Grünerts
19. Grīsling ( Grīsliņš)
20. Gruberts
21. Hermansons
22. Jakobsons
23. Jansons
24. Jaše
25. Jāņkārlis
26. Kallens
27. Kļaviņš
28. Ķirsis
29. Lielanš
30. Lācīts
31. Lipskis
32. Lielbrieds
33. Lusdig (Lustiņš)
34. Laurens
35. Lazding ( Lazdiņš)
36. Laicens
37. Mellups
38. Mālups
39. Mērnieks
40. Meisters
41. Muitnieks
42. Mikkalns
43. Ozolkalns
44. Pedrauts
45. Pindris
46. Plepps
47. Pirro
48. Pētersons
49. Rubbins (Rubenis)
50. Ruciņš
51. Sills ( Zīls? Zīle?)
52. Sudrabkalns
53. Smordons
54. Štelmahers
55. Sprīvuls
56. Uzkans
57. Urtiņš
58. Uelle
59. Vunge
60. Vosekalns
61. Vosis vai Vosse
62. Vencs
63. Vuškalns
64. Circens